لا شك أن ذلك يحصل دائمًا، لا بد أن هناك مراجعات كثيرة كتبها مراجعون بالكاد فتحوا صفحات الكتب التي يدّعون مراجعتها، إلا أن الذين يقررون كتابة مثل هذه المراجعات العمياء عادةً ما يبذلون جهدًا للحصول على معلومات عن الكتاب حتى يستطيعوا على الأقل وصف مضمونه بدقة، لتجنب إحراج أنفسهم على الأقل. لكن للأسف، يبدو أن عالم البيولوجيا التطورية البارز فرانسيسكو أيالا لم يجر أي بحث ولو عن ملاحظات بسيطة على الإنترنت في مراجعته لكتابي توقيع في الخلية (والتي من المفارقة أنه كتبها تحت عنوان "عن قراءة توقيع الخلية")، بل يبدو من قراءة مراجعته على موقع بيولوغوس، أنه لم يزد كثيرًا على إلقاء نظرة خاطفة على صفحة الغلاف وجدول المحتويات، إن كان قد فعل ذلك أصلًا. فشوهت مراجعته أطروحة الكتاب وموضوعه، بل وحرفت عنوانه.
عنوان كتابي ليس توقيع الخلية Signature of the Cell كما يشير أيالا إليه مرارًا وتكرارًا، بل توقيع في الخلية Signature in the Cell.
أطروحة الكتاب ليست أن "الصدفة وحدها لا يمكن أن تفسر المعلومات الجينية الموجودة في جينومات الكائنات الحية" كما يزعم، بل أطروحته هي أن التصميم الذكي يستطيع تفسيرها، وأنه يقدم أفضل تفسير (من بين العديد من الفرضيات المنافسة، وليس الصدفة وحدها) لنشأة المعلومات الضرورية لإنتاج الخلية الحية الأولى.
كما أن موضوع الكتاب لا يعالج نشوء جينومات الكائنات الحية، أو الجينوم البشري كما يوحي نقد البروفيسور أيالا، إنما نشوء الحياة الأولى والغموض الذي يحيط بنشأة المعلومات الضرورية لإنتاجها.
يبدأ أيالا مراجعته بمحاولة التقليل من حجة توقيع في الخلية، ولكنه يفعل ذلك من خلال تشويه أطروحته. يقول أيالا: "الحجة الأساسية لتوقيع الخلية [كذا] هي أن الصدفة وحدها لا يمكنها أن تفسر المعلومات الجينية الموجودة في جينومات الكائنات الحية." ثم يشير - كما أشرتُ في الكتاب - إلى قبول جميع علماء البيولوجيا التطورية بهذه النتيجة. ويتساءل: "فلماذا إذًا يُفرد فصلًا تلو فصل ومئات الصفحات من الكلام المنمق لمناقشة هذه الفكرة؟" لكن بالطبع لم يستنفد الكتاب مئات الصفحات ليناقش هذه النقطة، بل استغرق فعليًا 55 صفحة فقط من أصل 613 صفحة في تفسير سبب اتفاق كل الباحثين في مجال نشأة الحياة تقريبًا على رفض فرضية الصدفة منذ الستينيات. والكتاب يناقش تلك القضية فعلًا، ولكن ليس لأن هدف الكتاب الأساسي هو دحض فرضية الصدفة بحد ذاتها، بل لعدة أسباب أخرى ضرورية جدًا للأطروحة الفعلية للكتاب.
يبني توقيع في الخلية حجة مؤيدة لفرضية التصميم باعتباره أفضل تفسير لنشوء المعلومات البيولوجية الضرورية لإنتاج الكائن الحي الأول. ويتبع من أجل ذلك طريقة معيارية مدروسة للتفكير العلمي التاريخي، طريقةً أيدها داروين بحد ذاته ومهد لاستخدامها جزئيًا في كتابه أصل الأنواع Origin of Species. تسمى الطريقة عدة أسماء مثل طريقة الفرضيات المتنافسة المتعددة، أو طريقة استنتاج أفضل تفسير، وتستلزم حتمًا فحص الفرضيات المتنافسة الرئيسية التي اقترحها العلماء لتفسير حدثٍ ما في الماضي السحيق. وقد فهم علماء التاريخ –تبعًا لداروين ومرشده العلمي لايل Lyell– أن التفسيرات الأفضل هي التي تستشهد عادةً بالأسباب التي نعلم من خبرتنا الحالية قدرتها -بل وقدرتها الفريدة دون غيرها من الأسباب- على إنتاج التأثير المدروس.
في خضم تطبيق طريقة الفرضيات المتنافسة المتعددة لبناء حجتي لإثبات التصميم الذكي في كتاب توقيع في الخلية، فحصتُ فرضية الصدفة لنشأة الحياة لأنها إحدى عدة فرضيات متنافسة مقترحة لتفسير نشوء الحياة الأولى ونشوء المعلومات البيولوجية. وقد بدأت بانتقادها لأنها كانت أُولى الفرضيات المقترحة لتفسير نشوء الحياة في بداية اكتشاف خصائص الدنا الحامل للمعلومات. لكنني استكملت فحص العديد من النماذج الأحدث لنشوء المعلومات البيولوجية، بما فيها النماذج المستندة إلى الضرورة الفيزيائية الكيميائية (مثل نماذج التنظيم الذاتي الحالية)، والنماذج المستندة على التداخل بين الصدفة والضرورة (مثل سيناريو عالم الرنا RNA World الشهير). فأمضيت أكثر من تسعين صفحة وأربعة فصول في نقاش هذه النماذج. فهل فاتته هذه الفصول؟
إضافةً لذلك، يقدم نقدي لفرضية الصدفة أساسًا لتقييم بعض هذه النظريات الكيميائية التطورية الأحدث، والتي من المفترض أن أيالا يدرك أنها نظريات متنافسة بالنسبة لعلماء البيولوجيا التطورية حيث ترتكز على الصدفة بالمشاركة مع عمليات أخرى. مثلًا، سيناريو عالم الرنا الحالي المشهور يفترض نشوء محفزات رنا ذاتية التضاعف أولًا نتيجة التفاعلات العشوائية بين أحجار البناء الكيميائية أو وُحَيْدات الرنا، ثم بعد أن تظهر أول جزيئة رنا ذاتية التضاعف يتدخل الانتقاء الطبيعي في العملية التالية من التطور الجزيئي اللازم لإنتاج الخلية الأولى. لكني بيّنتُ في توقيع في الخلية أن كمية المعلومات ذات التسلسل النوعي الضرورية لإنتاج جزيئة رنا متضاعفة ذاتيًا بسيطة مفترضة أكثر بكثير من الكمية التي يمكن منطقيًا افتراض نشوئها بالصدفة وحدها. فتحليلي لاحتماليات إنتاج جزيئات حيوية مختلفة غنية بالمعلومات ليس مهمًا فقط لإثبات أن " الصدفة وحدها لا يمكن أن تفسر" نشوء المعلومات الجينية، إنما هو مهم أيضًا في تبيين سبب فشل النظريات التي تعتمد على الصدفة بالإضافة إلى الانتقاء الطبيعي قبل الحيوي.
على كل حال لم يكتفِ توقيع في الخلية بمجرد صياغة حجة ضد النظريات المادية لنشوء المعلومات الضرورية لإنتاج الحياة الأولى، وإنما بنى أيضًا حجة إيجابية لصالح التصميم الذكي بإثبات أن نشاط الفاعلين الواعين العاقلين هو السبب الوحيد المعروف الذي يمكن أن تنشأ عبره كميات كبيرة من المعلومات الوظيفية الجديدة، على الأقل عند الانطلاق من طلائع فيزيائية وكيميائية صرفة.
أقرب ما وصلت مراجعة أيالا إليه في إدراك الحجة الإيجابية المركزية للكتاب هو محاولته الخرقاء لدحض فكرة التصميم الذكي بالإصرار على أن وجود تسلسلات "بدون معنى non-sense" أو خردة في الجينوم البشري يثبت عدم نشوئه بالتصميم الذكي. فكما يزعم بوضوح: "وفقًا لماير يقدم التصميم الذكي تفسيرًا مقنعًا أكثر للجينوم البشري من تفسير التطور".
وأتساءل مرة أخرى هل البروفيسور أيالا تصفح حتى صفحات الكتاب! فكتابي ليس عن نشوء الجينوم البشري، ولا عن التطور البشري ولا حتى عن التطور البيولوجي عمومًا. بل هو عن التطور الكيميائي، ونشوء الحياة الأولى والمعلومات الجينية الضرورية لإنتاجها. بل لقد اعترفت ببساطة في الخاتمة أن أي شخص يمكن -من ناحية المبدأ- أن يقبل حجتي عن التصميم الذكي للحياة الأولى، ويقبل معها أيضًا التفسير الدارويني الحديث المعتاد لكيفية تطور أشكال الحياة اللاحقة. أنا لا أعتقد برؤية "التحميل المسبق front-end loading" للتصميم، لكن كتابي لم يحاول دحض هذه الرؤية، ولا دحض التفسيرات المعتادة للتطور البيولوجي. لهذا السبب فإن محاولة أيالا الدفاع عن التطور البيولوجي ودحض النظرية الخاصة بأن التصميم الذكي لعب دورًا مميزًا في نشأة الجينوم البشري لا يمكن النظر إليها بأي طريقة كردٍ على حجة توقيع في الخلية.
مع ذلك من الجدير بالذكر أن حجة أيالا ضد التصميم الذكي للجينوم البشري المرتكزة على وجود الدنا المدعو بالخردة أو "عديم المعنى"؛ هي حجة مستندة على فرضيتين معيبتين وقديمتين وغير صالحتين. يشير أيالا إلى أنه ليس هناك مصمم يستحق صفة "الذكي" يسمح بامتلاء الجينوم البشري بتسلسلات الدنا عديمة المعنى المتناثرة، وأن وجود هذه التسلسلات وتوزعها العشوائي الظاهر يمكن تفسيره بشكل أكفأ على أنه نواتج ثانوية للطفرات والانتقاء غير الموجه بطريقة التجربة والخطأ. وفقًا لأيالا فإنّ توزع تسلسل خاص (تسلسل Alu)، والذي يؤكد هو عدم احتواءه على أي معنىً جيني، يشير إلى كاتبٍ مهمل وغير ذكي، وليس إلى مصمم ذكي، حيث يجادل:
الأمر كما لو أن محرر كتاب توقيع الخلية أدرج بين كل صفحتين من كتاب ماير أربعين صفحة إضافية، تحوي كل منها الحروف الثلاثمائة نفسها. لن يعتقد ماير غالبًا أن محرره "ذكي". فهل يمكن العثور على أية وظيفة لتسلسلات Alu المتماثلة تقريبًا والتي يبلغ عددها المليون؟ يبدو ذلك مستبعدًا.
فالحاصل أنَّ أيالا يزعم أساسًا أن (1) كثرة تسلسلات الدنا عديمة المعنى و(2) التوزع العشوائي لهذه التسلسلات، يظهران أن الجينوم البشري يستحيل أن يكون مصممًا. لكن هاتين الحقيقتين المزعومتين التي يستند أيالا عليهما في حجته خطأ.
أولًا، لا الجينوم البشري ولا جينوم الكائنات الأخرى يغلب عليه الدنا الخردة، فكما وثقت في كتاب توقيع في الخلية، من المعلوم الآن أن المناطق غير المرمزة للبروتينات في الجينومات (في الكائنات المختلفة) والتي اعتُقد لفترة طويلة أنها "خردة" أو "دون معنى" تنجز وظائف عديدة مهمة. فالدنا غير المرمز للبروتينات ليس دون معنى، وليس خردة. في الصفحة 530 من كتاب التوقيع، عددت عشرة وظائف مختلفة عُرف الآن أن مناطق الجينوم غير المرمزة للبروتينات تنجزها. (الإحالات إلى المنشورات العلمية المُحكّمة التي توثق مزاعمي موجودة هناك). بالمجمل المناطق غير المرمزة في الجينوم تعمل مثل نظام تشغيل في حاسوب من ناحية أنها توجه وتنظم توقيت وتعبير الوحدات الجينية الأخرى المرمزة للبروتينات.
بل إن تسلسلات Alu التي يستشهد بها أيالا خصوصًا، كأمثلة رئيسية لتسلسلات كثيرة بلا معنى متوزعة عشوائيًا في الجينوم البشري، ليست غير وظيفية أو "بلا معنى". حيث تنجز تسلسلات العناصر النووية المبعثرة القصيرة (اختصارًا SINE)، والتي يعد Alu فردًا منها، عدة وظائف تنسيقية وتنظيمية في جينومات كل الكائنات الموجودة فيها، وزعْمُ أيالا العكس أمرٌ غير صحيح.
تسمح تسلسلات SINEs (ومن ضمنها Alu) باستعادة المعلومات الجينية بعدة طرق مختلفة من نفس ملفات بيانات الدنا حسب الاحتياجات الخاصة للنسج أو الأنماط الخلوية المختلفة (وفي سياقات مختلفة خاصة بنوع الكائن الحي). وبشكل خاص تنجز تسلسلات Alu العديد من وظائف التنسيق الجينومية الخاصة بالأصنوفة في المستوى الأدنى مثل:
(1) تقديم مواقع بدء بديلة لوحدات المِعْزاز promoter في التعبير الجيني، بما يشبه تجزئة القرص الصلب في الحاسوب (Faulkner et al., 2009; Faulkner and Carninci, 2009).
(2) كبح أو "إسكات" انتساخ الرنا (Trujillo et al., 2006).
(3) التقسيم الديناميكي لملف جينة واحدة عن الملفات الأخرى على الصبغي (Lunyak et al., 2007).
(4) تقديم عقد دنا لمسالك نقل الإشارة أو مواقع ارتباط للمستقبلات الهرمونية (Jacobsen et al., 2009; Laperriere et al., 2004).
(5) ترميز جزيئات رنا تعدل الانتساخ (Allen et al. 2004; Espinoza et al. 2004; Walters et al. 2009).
(6) ترميز أو تنظيم جزيئات الرنا المكروي (Gu et al., 2009; Lehnert et al., 2009).
بالإضافة إلى هذه الوظائف في التنسيق الجينومي في المستوى الأدنى، تنجز SINEs (بما فيها ALu) أيضًا وظائف تنسيق نوعية للنوع في المستوى الأعلى مثل:
(1) تعديل كروماتين زمر جينات نقل الإشارة والجينات الأساسية housekeeping الغنية بالـGCـ (Grover et al., 2003, 2004; Oei et al., 2004; Eller et al., 2007).
(2) "الشفرة الشريطية bar coding" لقطع مخصصة من عروات الكروماتين بين عناصر المعزاز والمُحسِّنات (Ford and Thanos, 2010).
(3) تكميل التأشيب recombination¬ في التسلسلات التي يوجد فيها Alu ـ(Witherspoon et al., 2009).
(4) المساعدة في تنسيق مناطق الصبغيات ثلاثية الأبعاد أو "الحجرات" في النواة (Kaplan et al., 1993; Pai and Engelke, 2010).
كما تعيّن تسلسلات Alu العديد من رموز الرنا النوعية للنوع، حيث تقدم خصوصًا:
(١) إشارات لتضفير جزيئات رنا بديلة (أي توليد عدة جزيئات رنا مرسال مختلفة من نفس النسخة البدئية) (Gal-Mark et al., 2008; Lei and Vorechovsky, 2005; Lev-Maor et al., 2008).
(2) إطارات قراءة مفتوحة بديلة (إكزونات) (Lev-Maor et al.,2007; Lin et al., 2008; Schwartz et al., 2009).
(3) تحدد احتباس جزيئات رنا منتقاة في النواة لإخماد التعبير عنها (Chen et al.,2008; Walters et al., 2009).
(4) تنظم آلة الرنا بوليميراز II خلال الانتساخ (Mariner et al., 2008; Yakovchuk et al., 2009; Walters et al., 2009).
(5) تقدم مواقع لتعديل الرنا أدنين إلى إينوزين، وهي وظيفة أساسية لنمو البشر ونماء الدماغ الخاص بالنوع (Walters et al., 2009).
بعكس زعم أيالا، فإن تسلسلات Alu (وتسلسلات SINEs الأخرى في الثدييات) غير متوزعة عشوائيًا بل تبدي طراز توزُّع "ترميز واسم" متشابهٍ على طول صبغياتها (Chen and Manu-elidis, 1989; Gibbs et al., 2004; Korenberg and Rykowski, 1988).
حيث أن توزُّع "الشفرة الشريطية bar code" لتسلسلات Alu -بشكل مشابه لتوزع الخط المائل والفواصل المنقوطة والفراغات المستخدمة لتنسيق كود برنامج حاسوبي- يعكس (مع تسلسلات SINEs الأخرى) منطقًا وظيفيًا واضحًا، وليس كتابة مهملة أو إدخالات بطفرات عشوائية. مثلًا تميل تسلسلات Alu للتمركز في الجينات المرمزة للبروتينات وحولها بما يلائم دورها في تنظيم التعبير الجيني (Tsirigos and Rigoutsos, 2009). وتوجد بشكل رئيسي في مناطق المعزاز (مواقع بدء إنتاج الرنا) وفي الإنترونات (القطع التي تفصل المسافات المرمزة للبروتين). وينخفض عدد تسلسلات Alu بشدة خارج هذه المناطق. كما أننا نعلم الآن أن تسلسلات Alu موجهة إلى (أو مشبوكة في) مناطق نشطة مفضلة معينة في الجينوم بوساطة معقدات بروتينية أو "الآلة الإدماجية" لنظام معالجة المعلومات الخلوي (Levy et al., 2010). يُحسّن هذا التوزُّع الموجَّه لتسلسلات Alu التنظيم الدلالي semantic والتداولي syntactical للدنا البشري، ولا يبدو أنه دليل على حدوث طفرات إدخالية عشوائية، بعكس مقتضى حجة أيالا ومثاله عن "الكاتب المهمل".
يزعم النقاد مرارًا وتكرارًا أن نظرية التصميم الذكي مرتكزة على الدين لا العلم، ولكن رد أيالا على كتابي هو الذي يستند على حجة دينية، ويشوه مرارًا الأدبيات العلمية في محاولة واهية لدعمها. حيث يزعم أن الجينوم البشري يبدي تسلسلات بلا معنى وتحريرًا مهملًا لا يليق بإله أو بأي مصمم ذكي حقيقي. كما أنه يرى جوانب أخرى من العالم الطبيعي يعتقد أنها غير متسقة مع وجود إله. سأترك علماء الدين ليواجهوا حجج أيالا حول إن كانت آلام الظهر لدى المسنين وغيرها من المعاناة البشرية العامة تجعل وجود الله أمرًا غير منطقي، لكن بما يخص السؤال العلمي الخاص بتنظيم الجينوم البشري، أعتقد أن الدليلَ واضحٌ. أيالا هو الذي كان مهملًا، ليس فقط في تقييمه للجينوم البشري، بل في نقده لكتابي.
المراجع:
Allen, T. A., S. Von Kaenel, J. A. Goodrich and J. F. Kugel, “The SINE-encoded mouse B2 RNA represses mRNA transcription in response to heat shock,” Nature Struc- tural and Molecular Biology 11:9 (2004), pp. 816-821.
Chen, L. L., J. N. DeCerbo and G. G. Carmichael, “Alu element-mediated gene silenc- ing,” EMBO Journal 27:12 (2008), pp. 1694-1705.
Chen, T. L. and L. Manuelidis, “SINEs and LINEs cluster in distinct DNA fragments of Giemsa band size,” Chromosoma 98:5 (1989), pp. 309-316.
Eller, C. D., M. Regelson, B. Merriman, S. Nelson, S. Horvath and Y. Marahrens, “Repetitive sequence environment distinguishes housekeeping genes,” Gene 390:1-2 (2007), pp. 153-165.
Espinoza, C. A., T. A. Allen, A. R. Hieb, J. F. Kugel and J. A. Goodrich, “B2 RNA binds directly to RNA polymerase II to repress transcript synthesis,” Nature Struc- tural and Molecular Biology 11:9 (2004), pp. 822-829.
Faulkner, G. J. and P. Carninci, “Altruistic functions for selfish DNA,” Cell Cycle 8:18 (2009), pp. 2895-2900.
Faulkner, G. J., Y. Kimura, C. O. Daub, S. Wani, C. Plessy, K. M. Irvine, K. Schroder, N. Cloonan, A. L. Steptoe, T. Lassmann, K. Waki, N. Hornig, T. Arakawa, H. Takahashi, J. Kawai, A. R. Forrest, H. Suzuki, Y. Hayashizaki, D. A. Hume, V. Orlando, S. M. Grimmond and P. Carninci, “The regulated retrotransposon tran- scriptome of mammalian cells,” Nature Genetics 41:5 (2009), pp. 563-571.
Ford, E. and D. Thanos (in press), “The transcriptional code of human IFN-beta gene expression,” Biochimica et Biophysica Acta (2010).
Gal-Mark, N., S. Schwartz and G. Ast, “Alternative splicing of Alu exons—two arms are better than one,” Nucleic Acids Research 36:6 (2008), pp. 2012-2023.
Gibbs, R. A., G. M. Weinstock, M. L. Metzker, D. M. Muzny et al., “Genome se- quence of the Brown Norway rat yields insights into mammalian evolution,” Na- ture 428:6982 (2004), pp. 493-521.
Grover, D., P. P. Majumder, B. C. Rao, S. K. Brahmachari and M. Mukerji, “Nonran- dom distribution of alu elements in genes of various functional categories: insight from analysis of human chromosomes 21 and 22,” Molecular Biology and Evolution 20:9 (2003), pp. 1420‐1424.
Grover, D., M. Mukerji, P. Bhatnagar, K. Kannan and S. K. Brahmachari, “Alu repeat analysis in the complete human genome: trends and variations with respect to ge- nomic composition,” Bioinformatics 20:6 (2004), pp. 813-817.
Gu, T. J., X. Yi, X. W. Zhao, Y. Zhao and J. Q. Yin, “Alu-directed transcriptional regu- lation of some novel miRNAs,” BMC Genomics 10:563 (2009).
Jacobsen, B. M., P. Jambal, S. A. Schittone and K. B. Horwitz, “Alu repeats in promot- ers are position‐dependent co‐response elements (coRE) that enhance or repress transcription by dimeric and monomeric progesterone receptors,” Molecular Endo- crinology 23:7 (2009), pp. 989‐1000.
Kaplan, F. S., J. Murray, J. E. Sylvester, I. L. Gonzalez, J. P. O’Connor, J. L. Doering, M. Muenke, B. S. Emanuel and M. A. Zasloff, “The topographic organization of repetitive DNA in the human nucleolus,” Genomics 15:1 (1993), pp. 123‐132.
Korenberg, J. R. and M. C Rykowski, “Human genome organization: Alu, lines, and the molecular structure of metaphase chromosome bands,” Cell 53:3 (1988), pp.391‐400.
Laperriere, D. T. T. Wang, J. H. White and S. Mader, “Widespread Alu repeat‐driven expansion of consensus DR2 retinoic acid response elements during primate evo- lution,” BMC Genomics 8:23 (2004).
Lehnert, S., P. Van Loo, P. J. Thilakarathne, P. Marynen, G. Verbeke and F. C. Schuit, “Evidence for co-evolution between human microRNAs and Alu-repeats,” PLoS One 4:2 (2009), e4456.
Lei, H. and I. Vorechovsky, “Identification of splicing silencers and enhancers in sense Alus: a role for pseudoacceptors in splice site repression,” Molecular Cell Biology 25:16 (2005), pp. 6912-6920.
Lev-Maor, G., O. Ram, E. Kim, N. Sela, A. Goren, E. Y. Levanon and G. Ast, “Intronic Alus influence alternative splicing,” PLoS Genetics 4:9 (2008), e1000204.
Lev-Maor, G., R. Sorek, E. Y. Levanon, N. Paz, E. Eisenberg and G. Ast, “RNA-edit- ing-mediated exon evolution,” Genome Biology 8:2 (2007), R29.
Levy, A., S. Schwartz and G. Ast (in press), “Large‐scale discovery of insertion hotspots and preferential integration sites of human transposed elements,” Nucleic Acids Research (2010).
Lin, L., S. Shen, A. Tye, J. J. Cai, P. Jiang, B. L. Davidson and Y. Xing, “Diverse splicing patterns of exonized Alu elements in human tissues,” PLoS Genetics 4:10 (2008), e1000225.
Lunyak. V. V., G. G. Prefontaine, E. Núñez, T. Cramer, B. G. Ju, K.A. Ohgi, K. Hutt, R. Roy, A. García-Díaz, X. Zhu, Y. Yung, L. Montoliu, C. K. Glass and M. G. Rosenfeld, “Developmentally regulated activation of a SINE B2 repeat as a do- main boundary in organogenesis,” Science 317:5835 (2007), pp. 248-251.
Mariner, P. D., R. D. Walters, C. A. Espinoza, L. F. Drullinger, S. D. Wagner, J. F. Ku- gel and J. A. Goodrich, “Human Alu RNA is a modular transacting repressor of mRNA transcription during heat shock,” Molecular Cell 29:4 (2008), pp. 499-509.
Oei, S. L., V. S. Babich, V. I. Kazakov, N. M. Usmanova, A. V. Kropotov and N. V.
Tomilin, “Clusters of regulatory signals for RNA polymerase II transcription as- sociated with Alu family repeats and CpG islands in human promoters,” Genomics 83:5 (2007), pp. 873‐882.
Pai, D. A. and D. R. Engelke, “Spatial organization of genes as a component of regu- lated expression,” Chromosoma 119:1 (2010), pp. 13‐25.
Schwartz, S., N. Gal-Mark, N. Kfir, R. Oren, E. Kim and G. Ast, “Alu exonization events reveal features required for precise recognition of exons by the splicing ma- chinery, “PLoS Computional Biology 5:3 (2009), e1000300.
Trujillo, M. A., M. Sakagashira and N. L. Eberhardt, “The human growth hormone gene contains a silencer embedded within an Alu repeat in the 3’-flanking region,” Molecular Endocrinology 20:10 (2006), pp. 2559-2575.
Tsirigos, A. and I. Rigoutsos, “Alu and b1 repeats have been selectively retained in the upstream and intronic regions of genes of specific functional classes,” PLoS Com- putational Biology 5:12 (2009), e1000610.
Walters, R. D., J. F. Kugel and J. A. Goodrich, “InvAluable junk: the cellular impact and function of Alu and B2 RNAs,” IUBMB Life 61:8 (2009), pp. 831‐837.
Witherspoon, D. J., W. S. Watkins, Y. Zhang, J. Xing, W. L. Tolpinrud, D. J. Hedges, M. A. Batzer and L. B. Jorde, “Alu repeats increase local recombination rates,” BMC Genomics 10:530 (2009).
Yakovchuk, P., J. A. Goodrich and J. F. Kugel, “B2 RNA and Alu RNA repress tran- scription by disrupting contacts between RNA polymerase II and promoter DNA within assembled complexes,” Proceedings National Academy of Science USA 106:14 (2009), pp. 5569-5574.
